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在洋山特殊综合保税区注册公司的优势如下：
相对于其他的保税港区、综合保税区，洋山特殊综合保税区在海关手续方面具有“一线放开，二线管住”特点。一线进出境径予放行、可在区内检疫；二线进出口单侧申报。区内不设账册，实施特殊的统计方式，区内自由流转，区间流转单侧申报。
洋山特殊综合保税区综合服务大厅，位于深水商务广场（浦东新区顺通路9号）D座一楼，导入质检、工商、税务和外资等服务部门，为在洋山特殊综合保税区注册公司提供名称受理、一口受理、业务咨询、材料补正和证照领取等服务功能。
为支持和促进临港新片区具有国际竞争力的重点产业、重点企业高质量发展，根据企业业务特点，允许设立在临港新片区规划范围内洋山特殊综合保税区外的企业，依申请享受电子监管、创新检验检疫方式、简化海关手（账）册管理、试行企业集团化保税监管等海关特殊监管政策。
在洋山特殊综合保税区的特殊政策下，一方面可以使企业的管理成本下降地非常大，至少达到30%至40%。另一方面也可以在临港新片区一体化信息服务平台进行多业务运作，数据实时上传，实时共享。